Niobe

Seis meses después de los acontecimientos representados en la matriz, Neo ha demostrado para ser un buen augurio para los seres humanos libres, como seres humanos cada vez más están siendo liberados de la matriz y traído a Zion, el uno y sólo la fortaleza de la resistencia. Neo ha descubierto sus superpoderes incluyendo super velocidad, habilidad para ver los códigos de las cosas dentro de la matriz y un cierto grado de precognición. Pero una desagradable noticia llega a la resistencia humana: 250.000 centinelas de la máquina están cavando a Sión y les alcanzaría en 72 horas. Zion se prepara para la guerra final, Neo, Morfeo y Trinity están asesorados por el oráculo para encontrar el cerrajero que les ayudaría a llegar a la fuente. Mientras tanto sueños recurrentes de Neo que representa la muerte de Trinidad lo tienen preocupado y como si eso no fuera suficiente, el agente Smith ha escapado de algún modo borrado, se ha vuelto más poderoso que antes y ha elegido Neo como su próximo objetivo.

Neo descubre que de alguna manera es capaz de usar sus poderes en el mundo real también y que su mente puede ser liberada de su cuerpo, como consecuencia del cual se encuentra atrapado en una estación de tren entre la matriz y el mundo Real. Mientras tanto, Zion se prepara para la guerra que se aproxima con las máquinas con muy pocas posibilidades de sobrevivir. Asociados de neo establecen para liberarlo de los merovingios, puesto que se cree que es uno de los que pondrá fin a la guerra entre los humanos y las máquinas. Lo que no saben es que hay una amenaza de un tercero, quien tiene planes para destruir ambos mundos.