Nacido en Kitzbühel, Austria, se fue a la escuela secundaria en Kufstein. Durante su educación escolar fue reclutado para el servicio militar en la primera guerra mundial en 1917. Después de terminar sus exámenes finales en 1919, fue a Munich a estudiar agricultura.
En sus primeros años empezó a subir y después, en Munich, él llegó a ser conocido con varios alpinistas alemanes de la época. Participó en las expediciones al Kangchenjunga (1929 y 1931) y más tarde encabezará la expedición al Nanga Parbat. Entre el Nanga Parbat expedición fue Heinrich Harrer, con quien se escapó, en 1944 de un campo de internamiento británicos. Llegó a Tibet con Harrer meses más tarde después de una ardua travesía del Himalaya. Permanecería en el Tíbet por siete años hasta que el Tíbet fue invadido por China es PLA.
Durante su tiempo en el Tíbet, Aufschnaiter desempeñó un papel importante como un geógrafo y cartógrafo para el gobierno tibetano y se ofreció a numerosos lugares a lo largo de Tíbet que nunca habían sido exhaustos con precisión en un mapa. Su extensa obra está bien documentada en un libro de Heinrich Harrer, siete años en el Tíbet. De su propio libro Peter Aufschnaiter: ocho años en el Tibet incluye muchos de sus propias fotografías y dibujos.
Después de salir de Tíbet, trabajó como Ingeniero en Nepal y la India, sólo regresar a Austria mucho más adelante en vida. Murió en Innsbruck en 1973.
