Un año después de los acontecimientos de Kingdom Hearts: cadena de memorias, Sora, Donald y goofy despiertan en Villa Crepúsculo. Empeñados en su búsqueda para encontrar a Riku y el Rey Mickey, los tres emprenden otra aventura. Sin embargo, pronto descubrirá que mientras han estado dormidos, los sincorazón están de vuelta! No sólo eso, sino que Sora, Donald y Goofy debe enfrentarse a nuevos enemigos: los incorpóreos y organización 13! Fijaron en una misión para librar al mundo de los sincorazón, descubrir los muchos secretos que persistir sobre Ansem y organización 13...