Después de un telepuerto fallos, dejando extraterrestres de un planeta llamado Xen en el centro de investigación de Black Mesa. El Dr. Gordon Freeman quien diseñó los escapes de teleport y es obligado a trabajar para un agente de gobierno sin escrúpulos conocido como el G Man coloca en éstasis del hombre G, Dr. Freeeman despierta en un tren en dirección a una ciudad europea masiva conocida sólo como ciudad 17. Un imperio alienígena llamado los relojes combinan más de un ejército de sirvientes humanos que ocupan la tierra y esclavizar a su población, devorando sus recursos. Y estar dentro de la enorme fortaleza de la ciudadela que controla la opresión no es otro que el viejo administrador de Gordon Freeman, el Dr. Wallace Breen. Unirse con sus viejos conocidos desde el centro de investigación Black Mesa, el Dr. Freeman se encuentra al un hombre libre de la tierra con el destino de la humanidad descansa sobre sus hombros.