Mundo de Sora se rompe cuando una violenta tormenta llega a su casa y está separada de sus dos amigos más cercanos. La tormenta dispersó los tres mundos desconocidos. Al mismo tiempo, hay agitación en el castillo de Disney. Rey Mickey falta y Tribunal Asistente de Donald y Goofy capitán salen a buscarlo. En sus recorridos cumplen con Sora, en su propia búsqueda de sus amigos perdidos. Los tres se les dice de siniestras criaturas llamadas sincorazón, sin corazones derivado de una dimensión desconocida y son los responsables de la tormenta devastadora. Los villanos de Disney, seducidos por el poder de las tinieblas, manipulan la oscuridad para reunir a las princesas del corazón, que se necesitan para abrir una misteriosa puerta final. Al descubrir el vínculo entre los sincorazón, la tormenta y la desaparición del Rey Mickey, Sora, Donald y Goofy unen y ayudan a conoces héroes de Disney para salvar sus mundos de los sincorazón.