Master Cheif devuelve a un pacto dominado la tierra en una misión para matar al líder alienígena final. Mientras tanto, el árbitro, Johnson, y Keyes forman una alianza y escapar de Delta Halo. El Pacto está roto en la guerra civil, y las élites junto con un puñado de otras razas alienígenas se simpatiza con la causa humana. Dis-activación improvisada de Delta Halo todos los Halos ha llevado a una "fase de activación remota". Pueden ser activados desde una instalación llamada el Arca, que pasa a ser en la tierra.