En los días antes y después de los ataques terroristas del 11 de septiembre de 2001, los miembros de varias comunidades de aplicación de la ley, la CIA y el FBI luchan para garantizar la seguridad de los Estados Unidos en una nueva rama de gobierno titulada Homeland Security. Almirante Ted McKee es asignado para dirigir la nueva rama con la ayuda de su enlace con la NSA, Sol Binder, para prevenir más ataques terroristas en Estados Unidos. La hija adolescente de McKee Melissa es una relación romántica con un adolescente inmigrante árabe llamado Yusef, cuyo padre es detenido por las autoridades. Pero no es consciente de que el padre de Yusef, Fazul, no es un espía terrorista... pero Yusef. Mientras tanto, agente de la CIA Bradley Brand es enviado a Afganistán, con el agente Johnson, para ayudar a los rebeldes de la Alianza del norte en su lucha contra los talibanes y la organización terrorista Al Queada responsable de los ataques terroristas del 9/11 en Estados Unidos, para averiguar más información sobre la segunda ola de ataques. En Seattle, agentes del FBI Jane Fulbar y Frank Heinhoff tratar de vincular a un traficante de armas ruso a una celda AQ en la ciudad planea construir una "bomba sucia" en la preparación de los próximos ataques AQ, pero su trabajo obstaculizado por la burocracia.