Es de 1964, San Nicolás en el Bronx. Un carismático sacerdote, el padre Flynn está tratando de voltear costumbres terminantes de la escuela, que durante mucho tiempo han sido ferozmente guardadas por la hermana Aloysius Beauvier, la directora con guantes de hierro que cree en el poder de la disciplina basada en el miedo. Los vientos de cambio político están barriendo la comunidad, y de hecho, la escuela sólo ha aceptado su primer estudiante negro, Donald Miller. Pero cuando la hermana James, una inocente optimista, comparte con la hermana Aloysius su sospecha de culpabilidad inducen que padre Flynn está prestando demasiada atención personal a Donald, hermana Aloysius embarca en una cruzada personal para desenterrar la verdad y a expurgar a Flynn de la escuela. Ahora, sin un fragmento de prueba además su certeza moral, hermana Aloysius encaje en una batalla de voluntades con el padre Flynn, que amenaza con desgarrar la comunidad con consecuencias irrevocables.