Seth Brundle fue un renombrado científico cuyos experimentos deformados con teletransporte lo transformaron en un hombre mosca híbrido llamado Brundlemosca. Unos meses después de que el insecto Brundlemosca conoció a su desaparición por su amante, Veronica, escopeta, muere al dar a luz a su hijo, Martin. Adopta el empleador corrupto de Seth, Bartok, Martin, Martin sólo puede solucionar los nuevos problemas que presentan las cápsulas todavía funcionan y usarlo como un proyecto de Ciencias debido a los genes latentes de insectos. Martin es ahora completamente crecido, aunque tiene cinco años, y los genes de mosca comienzan a despertar y hacerle como papá querido, muerto. Con la ayuda de su novia, Beth, van a donde pueden encontrar una posible cura antes de Bartok los encuentra y les trae, pero no antes de que Martin termina su transformación en MartinFly, el más mortífero de la especie Brundlemosca.