Artie

Varios meses han pasado desde el X-Men derrotó a Magneto y había encerrado en una cámara de plástico aparentemente inexpugnable. Un día, un mutante con el nombre de Nightcrawler infiltra en la casa blanca y los intentos asesinar al Presidente, desencadenando una reacción en cadena de mutantes contra medidas por el gobierno. Mientras tanto, Logan está tratando de descubrir su pasado. Como científico llamado William Stryker descubre escuela secreta de profesor x y Cerebro, socio del Magneto, Mystique, planea sacar su líder de la prisión. Pero cuando la escuela profesor x es atacada por fuerzas de Stryker, Logan, Rogue, Iceman y unos pocos tienen la suerte de escapar. Aquellos que se quedan se reúnen en Boston, donde forman una alianza incómoda con Magneto deja de Stryker y rescatar a profesor X.

Ha pasado varios meses desde el X-Men detenido William Stryker, pero esa victoria tuvo un precio: han perdido Jean Grey cuando ella trató de salvarlos del embalse colapsó. Scott Summers (cíclope) está todavía dolido por su pérdida. Un día, sale al lugar donde Jean Grey se sacrificó. Jean Grey aparece justo delante de él. Mientras tanto, la brecha entre los seres humanos y mutantes ha llegado al punto de ebullición. Los seres humanos han descubierto lo que provoca los seres humanos de mutar y han encontrado una cura para la mutación. Los X-Men están consternados por esta idea. Cuando noticias sobre el cura trata de Magneto, decide organizar un ejército de mutantes y librar su guerra contra los humanos. Cuando Jean Grey evoluciona en el Phoenix, sus nuevos poderes mutantes son tan fuertes que ella no puede controlar su propio cuerpo. Entonces, ella mata a profesor X con sus nuevos poderes. Ahora, los X-Men debe parar Magneto y poner fin a la guerra contra los humanos, así como impedir que las potencias Phoenix de Jean Grey.