Cuando se convirtió en la regla nueva de los piratas espaciales, Samus Oscura lanza meteórico semillas Phazon en tres cruciales a la Federación Galáctica de planetas. Después de ser infectado por phazon, Samus y sus compañeros cazarrecompensas establecidos a las fuerzas contra Dark Samus con su propia arma y localizar el mundo de origen de phazon.