Sam Fisher es un agente élite de Black Ops llamado Splinter Cell. Cuando desaparecen dos agentes de gobierno encubiertos en Georgia, Sam envía la Third Echelon para investigar. Él descubre que el Presidente georgiano es conspirar con mercenarios y expertos en informática para algún tipo de plan maestro, y a pesar de Sam interrogando a distintos miembros involucrados, él tiene dificultades para obtener información adicional, hasta que sea demasiado tarde. Lo que sigue es una vorágine de conspiraciones, puñaladas político y pandemonium.