Un escuadrón de lucha contra el terrorismo del gobierno de crack se apodera de una instalación de eliminación nuclear Alaska obscura con la ayuda de un ejército de genéticamente 'soldados genoma'. Ellos han amenazado con lanzar un misil nuclear si el gobierno de Estados Unidos no entregue el cuerpo preservado de 'Big Boss', el más grande soldado que ha vivido. La única persona que con éxito puede infiltrarse en las instalaciones, rescatar a los dos rehenes y frustrar los planes de los terroristas es el legendario Solid Snake - te.