Tras los acontecimientos de 'Just Cause 2', Rico Rodríguez vuelve a su tierra natal, la isla de Medici, para ayudar a la rebelión contra el malvado ejército, dirigido por Di Ravello, que buscan la dominación mundial. Rico Rodríguez libera su patria desde el malvado dictador por liberar una solución en un momento épico caos y destrucción.