Después de su misión para destruir el planeta pirata, Zebes, Samus está viajando por el espacio cuando su nave intercepta una señal de auxilio de lo Bottleship abandonado. Mientras que investigaba la nave, Samus topa con viejos amigos, criaturas extrañas y un viejo enemigo. Pero el extraño barco contiene que un secreto Samus no podría has imaginado.