Un misterioso artefacto alienígena ha sido recuperado y llevado a un centro de investigación de alto secreto en Black Mesa. Cuando recién llegado Dr. Gordon Freeman se asigna para probar físicamente el artefacto, las cosas van muy mal cuando el artefacto abre un portal inestable y destructivo a Xen, un planeta en una dimensión diferente. Gordon los negros hacia fuera y se despierta en un centro de investigación ahora paralizada y en ruinas. Cuando Freeman y los sobrevivientes de esta terrible experiencia descubrirán el portal ha permitido a sus criaturas alienígenas habitantes-mortal-para entrar en el fondo, se dan cuenta de que debe llamar al gobierno para obtener ayuda. El gobierno, sin embargo, ya tiene planes para contener este incidente por silenciar a los testigos.