Samus entra en un misterioso barco abandonado en el mundo inexplorado de Tallon IV para investigar actividades pirata espacial. Ella ha frustrado sus esfuerzos cobardes antes. Dejó de amasar un ejército de Metroids y ella mantuvo madre cerebro de recuperar la última larva de Metroid conocida. Ahora ella debe enfrentarse a los piratas espaciales una vez más en una nueva aventura.