Hace ya ocho años derrotó a Fox McCloud el malvado Andross. Desde entonces, el equipo Star Fox ha estado en un lento descenso. Falco, un leal amigo de Fox, decidió dejar el equipo en busca de nuevos retos. Peppy, en su vejez, salga de sus funciones como piloto concentrarse en navegación y Slippy hizo lo mismo, centrándose en su evolución tecnológica. Mientras que Fox y sus compañeros son reconocidos como héroes, ha recibido poco en el camino desde la muerte de Andross y su nave, el gran zorro, ha visto tiempos mucho mejores. Sin embargo, un día, ya que se acerca a planeta del dinosaurio en el borde del sistema Lylat, que reciben un mensaje del General pimienta pide Fox a investigar lo que ha causado el mundo a de repente empezar a romper y encontrar una manera de solucionarlo. Al mismo tiempo, habitantes del planeta del dinosaurio están bajo el gobierno dictatorial de General escalas, que Fox debe enfrentar para completar a su misión. Y luego está el misteriosa Krystal, quien quedó atrapada en un cristal grande después de ser atacado en Krazoa Palace. ¿Puede Fox liberarla y recibir su ayuda para detener la escala General y salvar planeta dinosaurio?