Después de su última misión (Metroid 2), Samus Aran encuentra una descendencia de Metroid como ella escapaba del planeta SR388. Samus Aran informa la larva metroid a la estación espacial de Ceres. Pero como que lo estaban estudiando, un temible dragón, Ridley, extermina todo excepto la larva. Esto es donde Samus descubre sobre el ressurection del planeta Zebeth.