Algo ha destruido nacimiento isla, hogar de Godzilla y Godzilla poco y pronto se descubre que Godzilla ha desarrollado un brillante resplandor llameante, indicando que la energía nuclear está creciendo fuera de control. Temiendo que pronto explotará Godzilla, el G-Force intenta congelarlo, por lo tanto su temperatura de enfriamiento. Pero otro problema surge como una horda de criaturas de tamaños humanas, formado a partir de una combinación de las células de Godzilla y el arma que destruyó el original uno, el oxígeno destructor. Ahora los militares deben intentar dejar estas criaturas y dejar de Godzilla de ir a través de una fusión nuclear que podría destruir el mundo.
