Stanley Goodspeed, que vive en Washington D.C., es un bioquímico que trabaja para el FBI. Poco después de que su novia Carla Pestalozzi anuncia que está embarazada, Stanley recibe una llamada del director del FBI James Womack. Womack dice a Stanley que Isla de Alcatraz de San Francisco ha sido tomado a como rehén, junto con 81 turistas, por General Marina Francis Xavier Hummel, quien durante años ha estado protestando contra la negativa del gobierno para pagar los beneficios a las familias de los veteranos de guerra que murieron durante las operaciones militares encubiertas. La muerte de su esposa Barbara Hummel el 09 de marzo de 1995 condujo General Hummel sobre el borde, y ahora tiene a rehenes con el fin de cruzar su punto. Stanley es necesaria porque General Hummel ha robado algunas ojivas de gas VX y ha anunciado que él les lanzará en San Francisco a menos que sus demandas sean satisfechas. Stanley sabe cómo desarmar las bombas, pero Stanley necesita a alguien que sabe Alcatraz lo suficientemente bien como para llevarlo adentro. Ese hombre es un agente de inteligencia británico ex John Patrick Mason, que ha estado en prisión durante los últimos 30 años sin un juicio porque fue acusado de robar los archivos privados de J. Edgar Hoover. En 1962, John se convirtió en el único preso que fuga de Alcatraz, y se quedó fuera de tiempo suficiente al padre de una hija llamada Jade Angelou Alcatraz. A pesar de su odio extremo del FBI, John se compromete a ayudar a Stanley. Cuando John y Stanley se envían en Alcatraz con un equipo SEAL de la Marina, General Hummel matan todo el equipo de sello, dejando a Stanley y John para trabajar por cuenta propia para rescatar a los rehenes.