400 años en el futuro, ambientado en el año 2415, Aeon Flux es un asesino misterioso. Cuatro siglos después de que un virus casi aniquiló a la raza humana, dejando sólo 5 millones de sobrevivientes en una utópica ciudad había llamada Bregna. Aeon está luchando para destruir el régimen Goodchild encabezado por su tocayo, Trevor Goodchild, el gobernante de Bregna y un descendiente del hombre que encontró una cura para el virus mortal. Según lo indique el controlador, Aeon es asignado a asesinar a Goodchild, pero hay más profundos secretos por descubrir y las conspiraciones para ser frustrado.