A través del contacto con una sustancia misteriosa llamada Ooze, 4 pequeñas tortugas en la canalización de Nueva York mutan a tortugas gigantes. Pueden hablar, caminar en posición vertical y amor. La sabia rata Splinter se convierte en su mentor y les educa a los combatientes de Ninja. Su archienemigo es el tipo malo Shredder, que lucha por ganar el poder sobre el mundo. Por supuesto las tortugas ninja harán todo lo posible para detenerlo.