Dos soldados estacionados en Kazajistán (Hauser capitán Duque y su compañero 'Anclas') se ordenan para transportar ojivas especiales creadas por MARS, fabricante de una de las armas controlada por James McCullen. Cuando son atacados por ladrones (dirigidos por Anastasia DeCobray, con quien el Duque tiene historia), se guardan por una superior internacional, secreta unidad de fuerzas especiales conocida como 'G.I. Joe'. El líder de G.I. Joe, General Abernathy (o halcón) está tras la pista de los ladrones: una malvada organización llamada 'Cobra'. Mientras Duke y Ripcord tren para unirse a los Joes, McCullen ('Destro') está trabajando para Cobra secretamente y conspirar para recuperar sus ojivas come metal-'Nanomitas'. Duke y Ripcord (con la ayuda de pesados, ojos de serpiente y el resto de los Joes) deben demostrar que son verdaderos héroes americanos--por detener el lanzamiento de estas ojivas antes Cobra utiliza para apoderarse del mundo.