Un año después de los eventos de Kingdom Hearts: cadena de recuerdos, Sora, Donald y goofy despiertan en Villa Crepúsculo. Empeñados en su búsqueda de Riku y el rey Mickey, los tres emprenden otra aventura. Sin embargo, pronto descubren que mientras estaban dormidos, los sincorazón están de vuelta! No sólo eso, sino que Sora, Donald y Goofy debe enfrentar a nuevos enemigos: los nadies y organización 13. Partieron en una misión para librar al mundo de los sincorazón, una vez más, descubrir los muchos secretos que persisten sobre Ansem y organización 13...