Solo dos personas lograron escapar con vida del incidente sucedido en La Colmena: Alice (Milla Jovovich) y Matt Addison (Eric Mabius) aunque son detenidos por los cientificos de Umbrella y destinados a dos programas de investigación, ella al proyecto "Alice" y él, que estaba empezando a sufrir mutaciones provocadas por el Virus-T, es destinado al proyecto "Némesis". Tras esto los cientificos deciden abrir la colmena y enviar a un equipo para investigar lo sucedido pero al hacerlo liberan a los zombies encerrados y la infección pro el virus se propaga sobre la ciudad de Racoon City provocando que la mayoría de la población acabe transformada en zombies.
Ya con la ciudad casi arrasada por el virus, Alice se despierta sola en un laboratorio de Umbrella, tan solo para descubrir que su pesadilla continua aunque ahora deberá enfrentarse a un nuevo monstruo: "Nemesis" (Matthew G. Taylor), el mutante resultado de los experimentos de Umbrella realizados con Matt, que lo han convertido en un arma que la corporación usará para intentar matar a la última testigo del incidente de La Colmena.
Segunda entrega de la saga de Resident Evil, donde veremos a Alice enfrentarse a la amenaza zombie y a Némesis por las calles de Racoon City mientras ella y algunos supervivientes liderados por Jill Valentine (Sienna Guillory) tratan de escapar de la plaga zombie.
